Действие книги происходит в 1960-х годах в деревне Матёра, расположенной посередине реки Ангары. В связи со строительством Братской ГЭС деревня должна быть затоплена, а жители переселены.
Многие люди не хотят оставлять Матёру, в которой провели всю свою жизнь. Это преимущественно старики, принимающие согласие на затопление деревни как измену предкам, похороненным в родной земле. Главная героиня, Дарья Пинигина, белит свою избу, которую через несколько дней предаст огню санитарная бригада, и не соглашается, чтобы сын перевёз её в город. Старушка не знает, что будет делать после гибели деревни, боится перемен. В аналогичной ситуации находятся другие старики, которые уже не в состоянии привыкнуть к городской жизни. Сосед Дарьи, Егор, вскоре после отъезда в город умирает, а его жена, Настасья, возвращается в Матёру.
Гораздо легче переносит прощание с родной землёй молодёжь — внук Дарьи - Андрей, или её соседка - Клавка. Молодое поколение верит, что в городе найдёт лучшую жизнь, не ценит родной деревни.
Книга говорит о борьбе старой и новой жизни, традиций и современной техники. Старую жизнь символизирует фантастический персонаж — Хозяин Острова, дух, который охраняет деревню и гибнет вместе с ней, а также царский листвень, мощное дерево, которое санитары-поджигатели так и не смогли ни свалить, ни сжечь.
